1982年 毕业于西南师范大学，同年考入中国科学院水生生物研究所，师从黎尚豪院士；
1984年 公派留美学习；
1990年 获美国德克萨斯大学博士学位；
1990~1994 美国宾州大学完成博士后研究并受聘为美国加州ABI公司研究员；
1994年 回国在北京大学生命科学学院任教，先后任副教授、教授，生命科学学院副院长；
1995年 获自然科学基金委“杰出青年基金”，2000年成为长江特聘教授；
2007年11月，出任中国科学院水生生物研究所常务副所长（法定代表人）。2007年12月当选中国科学院院士。
2008年11月，出任中国科学院水生生物研究所所长（法定代表人）。
2007年12月 当选致公党第十三届中央委员会常务委员。
2007年 赵进东被增补为中国科学院院士
2008年1月 当选中国人民政治协商会议第十一届全国委员会委员。
2010年10月19日，第三世界科学院（TWAS）第二十一届院士大会在印度海得拉巴市举行，来自全世界40多个和地区的TWAS院士、获奖科学家、特邀代表400多人出席了大会。在本次TWAS大会上，赵进东当选为第三世界科学院院士。
2012年10月9日任中国科学院水生生物研究所所长。
主要从事病毒的分子生物学基础理论研究和植物基因工程育种的应用基础研究。
[2] Shi Y., Zhao W., Zhang W., Ye Z. and Zhao J. Regulation of intracellular free calcium concentration during heterocyst differentiation by HetR and NtcA in Anabaena sp. PCC 7120.PNAS.2006, 103: 11334-11339.
[3] Xu D., Liu X., Zhao J. and Zhao J. FesM, a membrane iron-sulfur protein, is required for cyclic electron flow around photosystem I and photoheterotrophic growth of the cyanobacterium Synechococcus sp. PCC 7002.Plant Physiology. 2005, 138: 1586-1595.
[4] Zhao Y., Shi Y., Zhao W., Huang X., Wang D., Brown N., Brand J. J. and Zhao J. Ccbp, a calcium binding protein from Anabaena sp. PCC 7120, provides evidence that calcium ions regulate heterocyst differentiation.PNAS. 2005, 102: 5744-5748.
[5] Huang X., Dong Y. and Zhao J. HetR dimer is a DNA-binding protein required for heterocyst differentiation and the DNA-binding activity is inhibited by PatS.PNAS. 2004, 101: 4848-4853.
1998年在蓝藻分化和发育与分子机理研究方面取得重大进展，其成果发表在的美国科学院院报（PNAS）上和ARCH．MICROBIO1上，受到国际同行的关注并应邀在国际会议上作学术报告。曾先后获得美国李氏奖金、青年科学家安泰奖、杰出青年基金奖、青年教师奖等奖项。在中、青年知识分子及海外留学生中有广泛的联系和一定的影响，是该校新归侨中的代表。1999年荣获全国归侨、侨眷先进个人称号。2007年，当选中国科学院院士。
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