企业所得税
公司为员工发放的住房补贴、公司为员工租房取得抬头为公司发票的租房支出、员工凭公司抬头发票报销的租房支出均属于职工福利费范围，应计入公司职工福利费，在不超过工资薪金总额14%的部分可以税前扣除。同时，公司发生的职工福利费，应该单独设置账册，进行准确核算。
如果公司向员工发放的住房补贴列入员工工资薪金制度、固定与工资薪金一起发放，并符合以下原则的：①企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；②企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；③企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；④企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务；⑤有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的；可将发放的住房补贴作为企业发生的工资薪金支出，按规定在税前扣除。对于国有性质的企业，其工资薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。因此，国有性质的企业应注意，将住房补贴作为工资薪金支出是否会造成工资总额超标，如超标的话建议仍作为职工福利费处理。
员工取得抬头为个人的租房发票，公司凭该发票为其报销租房支出，不能列入职工福利费，该支出属于与企业无关的支出，不能在税前扣除。
个人所得税
工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。公司向员工支付工资、薪金，应代扣代缴员工的个人所得税。
1、现金发放住房补贴
员工取得的住房补贴属于工资、薪金所得。公司属于员工个人所得税的扣缴义务人，在代扣员工工资、薪金个人所得税时，应将该补贴并入员工当月工资，计缴个人所得税。
需要注意的是，公司为外籍人员发放住房补贴不适用免税规定。
2、公司租房免费提供给员工居住
个人所得的形式，包括现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。该租房费用属于员工取得的其他形式的经济利益，属于工资、薪金所得范围。公司需将租房费用并入员工工资总额，代扣代缴员工的个人所得税。公司租房给员工，并不一定固定由一个人住的；需按员工居住天数计算，确认员工租房费用并入员工工资总额，代扣代缴员工个人所得税；如果确实无法划分到员工个人名下的，原则上可不并入员工工资计缴个人所得税。
需要注意的是，员工为外籍人员，其取得免费住房属于以非现金形式取得的住房补贴。如该住房补贴合理，免缴个人所得税。该员工（纳税人）或公司（扣缴义务人）应在其初次取得的次月进行工资薪金所得纳税申报时，向税务机关提供有关有效凭证及证明资料。主管税务机关应就申报的住房补贴收入逐项审核。对其中有关凭证及证明资料，不能证明其合理性的，主管税务机关应要求纳税人或代扣代缴义务人在限定的时间内，重新提供证明材料。凡未能提供有效凭证及证明资料的补贴收入，主管税务机关有权给予纳税调整。
3、个人租房凭租房发票到公司报销
员工报销租房费用，不论发票开具的抬头为个人还是公司，圴属于员工取得的工资、薪金所得。公司需将租房费用并入其工资总额，代扣代缴个人所得税。
如果员工为外籍人员，外籍人员凭票报销取得的住房费用属于以实报实销形式取得的住房补贴。该住房补贴合理的，免缴个人所得税。员工应按前述向税务机关提交有效凭证和资料。